La presente investigación tuvo por objetivo identificar factores asociados al logro escolar en estudiantes mexicanos de nivel medio superior pertenecientes a grupos indígenas de acuerdo con información obtenida en las bases de datos del Plan Nacional para la Evaluación de los Aprendizajes de 2017 del Instituto Nacional para la Evaluación de la Educación. La literatura reporta que los estudiantes provenientes de comunidades indígenas, en promedio, tienden a alcanzar un nivel de logro menor al de estudiantes no indígenas. Se consideraron factores no cognitivos como la perseverancia y toma decisiones, además de factores sociodemográficos del hogar y de la calidad de las instalaciones y servicios de la escuela Se llevó una comparación entre grupos de estudiantes indígenas y no indígenas con el uso de modelos jerárquicos lineales incorporando los factores mencionados anteriormente. Los resultados muestran la relevancia de la infraestructura de la escuela sobre el desempeño de estudiantes indígenas; además de la importancia del patrón de toma de decisiones para su logro académico.