El Trastorno Depresivo Mayor (TDM) con insomnio, ha sido reconocido como un fenotipo distinto y más severo. Poco se sabe de las consecuencias que genera presentar esta comorbilidad y su asociación con las funciones cognoscitivas (FC). En esta investigación se propuso que son los cambios objetivos en la macroestructura del sueño los que pueden ser el vínculo entre estos dos trastornos y el FC. 32 participantes del Instituto Nacional de Psiquiatría con diagnóstico de TDM e Insomnio, sin comorbilidades médicas, psiquiátricas o de sueño, sin tratamiento farmacológico y sin abuso de sustancias. Fueron sometidos a dos noches consecutivas de polisomnografía. Se aplicó una batería de pruebas neuropsicológica válida y confiable para evaluar 4 áreas: memoria, atención, velocidad de procesamiento y funciones ejecutivas. Se encontró que el tiempo total de sueño (TTS) y la vigilia después de iniciado el sueño (WASO) se asocian al rendimiento en pruebas que evalúan memoria declarativa (r=.425, p=.021 y r=-.410, p=.024) y atención sostenida (r=.444, p=.014 y r=-.487, p=.006). Además, el sueño de ondas lentas (N3) se asocia a la memoria de trabajo (r=.390, p=.033). Posteriormente, en un análisis de regresión lineal jerárquica, controlando la edad y escolaridad de los participantes, se encontró que las variables de sueño aportan entre el 15% y 16% de la varianza del FC.